Thomas egy meggondolatlan csínytevés miatt bajba kerül, ezért a Kövér Ellenőr büntetésből egy új vasútvonal építésére küldi. Miközben a helyét egy új mozdony, Ryan veszi át, Thomas véletlenül belezuhan egy barlangba, ahol egy régi, elfeledett kalózhajót fedez fel. A titokzatos tengerész, John és különleges vitorlás sínhajója, Skiff azonban megpróbálják ellopni a felbecsülhetetlen értékű kincset. Thomasnak…