Ahogy a nap lenyugszik a város felett, három jóbarát, Connor, Greg és Amaya különleges küldetésre indul. A pizsamák felvételével aktiválják állati erejüket, így Macska, Gekkó és Bagoly néven védelmezik a várost a gonosztevőktől. Ma éjjel a Pizsihősök főhadiszállása kerül veszélybe, amikor Éji Nindzsa és kis segítői, a Nindzsalinók betörnek a bázisra. Bagoly veszi kezébe az irányítást, hogy megmutassa, ki az úr a háznál, és különleges repülő manővereivel próbálja visszaszorítani a hívatlan vendégeket. A szuper bagolyszárnyak és a bagolyszemek segítségével a csapat felveszi a harcot a betolakodókkal, hogy megvédjék titkos otthonukat és rendet tegyenek az éjszakában.